Eestis sai katse- ja kalibreerimislaborite ning sertifitseerimis- ja inspekteerimisasutuste akrediteerimine alguse 1993. aastal, kusjuures esialgselt võeti tegevuse alustamise soodustamiseks kasutusele ka tunnustamine. Tunnustamine oli veidi lihtsustatud akrediteerimisnõuete rakendamine, kuivõrd tollal puudusid nii kogemustega akrediteerimisasutus kui ka akrediteerimisnõuetele vastavad laborid ja asutused. Esimene Eesti katselabor tunnustati 1993. aastal (Riigi Viljasalve Inspektsiooni labor, 09.01.1993.a) ja akrediteeriti 1996. aastal (AS ARETO, 15.05.1996.a).
Akrediteerimise ja tunnustamise õiguslik alus oli tollal Valitsuse määrus 7. detsembrist 1993 nr. 384 "Katsetus- ja kalibreerimislaborite ning kontroll- ja sertifitseerimisorganisatsioonide usaldatavuse kinnitamise kohta" ja rahandusministri määrus 25. veebruarist 1994 nr. 45 "Katselaborite ja sertifitseerimisorganisatsioonide usaldatavuse kinnitamisest". Nende määruste alusel tuli järgida rahvusvaheliselt heakskiidetud akrediteerimisnõudeid, mis olid esitatud Euroopa standardite EN 45000 sarjas ja Eesti Standardiameti poolt koostatud asjakohastes juhistes. Akrediteerimisasutusena toimis Eesti Standardiamet.

Eesti akrediteerimistegevuse rahvusvahelise praktikaga ühtlustamise eesmärgil toimus koostöö teiste Euroopa akrediteerimisasutustega. Esimesel kolmel akrediteerimisel osalesid Rootsi akrediteerimisasutuse SWEDAC eksperdid/assessorid, koostöös Soome akrediteerimisasutusega FINAS akrediteeriti firma EhitusTEST (ehitusmaterjalide katsetamine) ning AS Metrosert (mõõtevahendite kalibreerimine). Eesti akrediteerimisspetsialistid said praktilisi kogemusi Saksamaal sealsete akrediteerimisasutuste DAP ja DACH juures.

Standardiamet oli akrediteerimisasutusena alates 1998.a. Euroopa akrediteerimiskoostöö organisatsiooni EA (European co-operation for Accreditation) assotsieerunud liige. EAK on EA põhiliige alates juunist 2000. 12. märtsil 2004.a. sai EAK õiguse liituda EA mitmepoolse vastastikuse tunnustamise leppega MLA laborite ja inspekteerimisasutuste ning 18. märtsil 2005 sertifitseerimisasutuste akrediteerimise osas.

Uuenenud akrediteerimistegevuse tunnustamise õiguslikuks aluseks sai "Mõõteseadus", mis sätestas Eesti akrediteerimisasutuse institutsiooni ja laborite (mõõtjate) kompetentsuse (pädevuse) tõendamise erialase pädevuse hindamise ja akrediteerimise abil. Mõõteseaduse alusel andis Majandusminister 29.11.2000 määruse nr 36 mõõtmisi ja mõõtevahendite metroloogilist kontrolli teostavate laborite kompetentsuse hindamise tingimuste ja korra kohta, mis alates 1. maist 2004.a. asendati Majandus- ja kommunikatsiooniministri määrusega nr 110 ja alates 13. oktoobrist 2006.a. määrusega nr 85 (RTL 2006. 73, 1336). Akrediteerimistegevus ja -asutus sätestati ka "Toote nõuetele vastavuse tõendamise seaduses" (alates 01.10.2010 "Toote nõuetele vastavuse seadus").

Seisuga 01.01.2018 on Eestis jõus ca 50 õigusakti, mis kehtestavad eri tegevusaladel akrediteerimis- või pädevustõenduse nõude, viidates (valdavalt) "Mõõteseaduse" või "Toote nõuetele vastavuse seaduse" sätetele (vt "Juhendmaterjalid/EV õigusaktid").

Seisuga 01.01.2018 omas kehtivat EAK akrediteeringut 19 kalibreerimis- ja 144 katselaborit, 44 inspekteerimis- ning 30 sertifitseerimis- ja tõendamisasutust ning 1 võrdluskatsete korraldaja. Lisaks kehtis 186 mõõtja (asutuse) erialase pädevuse tõendus.